El hipotálamo es el ejecutor de las emociones: activa los cambios fisiológicos en el cuerpo y el cerebro que constituyen un estado emocional. 

 

La amígdala organiza las emociones, es decir, funciona como vínculo entre el procesamiento del estímulo y la ejecución de la emoción, y por lo tanto es la que inicia el proceso de la emoción. La amígdala cuando recibe estímulos de los órganos sensoriales (vista, oído y tacto) los trasmite al hipotálamo, el cual ya hemos dicho que controla las respuestas fisiológicas automáticas que sentimos al desencadenarse una emoción. 

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La corteza prefrontal se encarga de distinguir el significado emocional de los estímulos más complejos, es decir, como explica Eric R. Kandel, «evalúa si una respuesta emocional concreta es adecuada para la situación» y tiene la capacidad de regular los sentimientos (la parte consciente de las emociones). Su interacción con la amígdala y el cuerpo estriado es en cierto modo de control, y es así como puede controlar la reacción emocional. La Dra. Rosa Casafont nos apunta que «en la corteza prefrontal existe una interacción emocional, conductual y cognitiva.»